阴茎由根部、体部和头部（龟头）组成。根部紧贴腹壁，中段为阴茎体，末端为阴茎头呈锥状。尿道是排出尿液和精液的通道，开口在阴茎头的前端。阴茎头的底部称为冠状沟。未行包皮环切术的男性，其包皮从阴茎冠状沟延伸覆盖整个阴茎头。
阴茎体由三个长柱状、有空隙（窦）能勃起的海绵状组织构成。两个较大的海绵体并排平行排列于阴茎背侧。另一个为尿道海绵体，包绕着尿道。海绵体内的空隙里充满血液时，阴茎就勃起，变得粗硬。
阴囊是一个薄薄的皮肤囊，它包围着睾丸并保护它。阴囊具有调节睾丸温度的作用。因为睾丸要保持比体温稍低的温度，才能使精子正常发育。阴囊壁上的提睾肌松弛时，睾丸离身体较远，而使温度降低。提睾肌收缩，睾丸则靠近身体，使温度升高，同时也得到保护。
睾丸位于阴囊内，呈卵圆形，如大橄榄大小。通常左侧睾丸比右侧略低。睾丸有两个功能：产生精子和合成睾丸素（最主要的男性激素）。附睾位于睾丸上方，是由约6米长的细管盘绕而成。它从睾丸收集精子，并为精子成熟提供了一个合适的场所和环境。
输精管是从附睾输送精子的索状管道。一侧的输精管从同侧睾丸出发，上行到前列腺后方进入尿道形成射精管。其他结构，如血管、神经也与输精管一起形成索状结构，称为精索。
男性尿道有双重功能。一是从膀胱排出尿液（属泌尿系统），二是射出精液（属生殖系统）。
前列腺在盆腔内，位于膀胱下方，包围后尿道。通常前列腺如核桃大小，随年龄增大而长大。前列腺和位于它上面的贮精囊产生滋养精子的液体。精液总量的大部分是这种液体。精液中还有来自输精管和阴茎头分泌腺的其他液体。这种含有精子的分泌物，在射精时被排出体外。

男性生殖器官结构模型

男性生殖器官结构模型由男性生殖器官、膀胱矢状切面和阴茎横切面等5个部件组成，并显示内、外生殖器、膀胱、男性尿道以及男性会阴等结构，共有72个部位指示。